离子色谱柱根据分离原理的不同，主要可以分为离子交换柱和离子排斥柱。离子交换的分离原理是利用离子在色谱柱固定相和流动相中的保留强度不同而完成分离的。
离子本身的性质会对保留时间有影响。离子的价态越高，半径越大，极化程度越大，其保留时间也就越长。常见的出峰顺序是：F-，Cl-，NO2-，Br-，NO3-，PO43-，SO42- 。
离子色谱柱是离子色谱仪的核心部件之一，样品中各种离子的分离均在色谱柱中完成，并且一般比常规高效液相色谱柱价格要贵很多。因此，对离子色谱柱的维护保养十分重要。
抑制系统是离子色谱的核心部件之一，主要作用是降低背景电导和提高检测灵敏度。抑制器的好坏关系到离子色谱的基线稳定性、重现性和灵敏度等关键指标。
(1)柱-胶抑制：
采用固定短柱或现场填充抑制胶进行抑制，不同的抑制柱交替使用，属于间歇式抑制。
(2)离子交换膜抑制：
采用离子交换膜，利用离子浓度渗透的原理进行抑制。需要配制硫酸再生液，系统需要配置氮气或动力装置。
(1)接离子色谱柱前确保系统已清洗干净。色谱柱在任何情况下不能碰撞、弯曲或强烈震动；很多单位的离子色谱仪是阴、阳离子混用的，因此，接色谱柱前，一定要保证整个离子色谱仪上的所有阀件或管路已清洗干净，避免造成色谱柱堵塞。
(2)确保色谱柱不进入颗粒物。样品一定要经过预处理，去除颗粒物等会给泵和色谱柱带来负担的物质。
(3)确保离子色谱柱不干燥。每天分析工作结束后，要清洗进样阀中残留的样品，还要用适当的溶剂来清洗柱；若分析柱长期不使用，要参照色谱柱保存办法，在冲洗干净后，对阴离子柱要通入一定浓度的碱(对阳离子柱要通入一定浓度的酸)，并将色谱柱取下两端密封保存。
(4)确保色谱柱在一定压力、流速条件下运行。仪器使用时一定要先检查整个流动管路中是否有气泡，如果有，需要先将气泡排除后再将色谱柱接上，防止将气泡带到色谱柱中。因为色谱柱中装填的树脂颗粒很小，气泡进入后将影响树脂和样品中离子的交换，同时气泡也将影响基线的稳定性。
