高效液相色谱系统采用一种区别于经典液相色谱，基于仪器方法的高效能分离手段，具有高压、高效、高速、高灵敏度、高选择性等特点。
高效液相色谱系统采用的相色谱法与反相色谱法不同点：
正相色谱法反相色谱法固定相极性高～中中～低流动相极性低～中中～高组分洗脱次序极性小先洗出极性大先洗出
从上表可看出，当极性为中等时正相色谱法与反相色谱法没有明显的界线(如氨基键合固定相)。
按分离过程的机理分为吸附色谱、分配色谱、离子交换色谱和体积排除色谱。
吸附色谱(Absorption Chromatography)：根据样品组分对活性固定相表面吸附亲和力的不同实现分离。
分配色谱(Partition Chromatography)：分离基于样品组分在固定相和流动相中的溶解度(分配系数)不同。
离子交换色谱(Ion Exchange Chromatography)：根据样品组份离子交换亲和力的差异分离,简称离子色谱(IC)。
体积排除色谱(Size Exclusion Chromatography)：分为GPC和GFC。
GPC(Gel Permeation Chromatography凝胶渗透色谱又称尺寸排阻色谱)：固定相是疏水性凝胶,流动相是水或缓冲溶液-有机溶剂。
GFC(Gel Filtration Chromatography凝胶过滤色谱又称水系凝胶色谱)：固定相是亲水性凝胶,流动相是水或缓冲溶液。
